Божидар Димитров е роден през 1945 г. в Созопол и завършва средното си образование в Бургас, а по-късно История в Софийския университет Климент Охридски. През 70-те години на 20 век той проучва архивите на Ватикана, където попада на част от „История на България“ на Петър Богдан Бакшев, написана през 1667 г. Димитров я намира в архива на Борджиите.

Голяма част от академичната му кариера е свързана с Националния исторически музей. Той ръководи институцията от 1994 до 1998 г., когато е уволнен. През 2001 г. Димитров е възстановен на този пост и ръководи НИМ до 2017 г.

Освен като учен Димитров бе известен и като политик. Той е член на БКП от 70-те години, а по-късно и на БСП. Той напусна партията през 2009 г., когато обяви, че подкрепя ГЕРБ. Димитров заемаше поста в първото правителство на Бойко Борисов министър с ресор българите в чужбина. Историкът наскоро създаде и своя политическа фомация "Кан Кубрат"